Course Description

This course takes students from hypothesis testing to the application of testing means, chi-square tests, regression analysis and         analysis of variance in Biology. Students will learn to choose an appropriate statistical test, independently analyze case studies with R software, and write empirical scientific reports.

Prerequisite: BIO259H5 or STA215H5 *STA215H5 will no longer be accepted as an appropriate prerequisite course AFTER 2022-2023 Academic year. Beginning 2023-2024 Academic year all students will be required to complete BIO259H5 as the   statistics prerequisite course.

Exclusion: ECO220Y5 or PSY202H5 or STA221H5 (SCI)

Distribution Requirement: SCI

The UTM Calendar states that students who lack the prerequisites for a course can be deregistered at any time

Objectives

1. Course Goals: My main objective in BIO360 is to enable students to plan, carry out, report, and evaluate simple research to address a biological research question.

2. Student Learning Objectives: After completing this course, you should be able to:

   KNOW: Know basic statistical concepts and methods.

   THINK: Combine and apply concepts, develop statistical reasoning.

   DECIDE: Analyze problems to select appropriate statistical methods.

   DO: Carry out analysis of case studies and write empirical reports.

   ENGAGE: Appreciate what statistics can do for a biologist.

Required Textbook and Materials

Stats Data and Models, Fourth Canadian ed., De Veaux, Velleman, Bock, Vukov, Pearson Education.

The eText can be bought for 1 year ($49.99) at: https://www.pearson.com/en-ca/subject-catalog/p/stats-data-and-models-canadian- edition/P200000002661/9780137364626. If you prefer a printed book, you may search the internet for used copies of the 4th, 3rd, or 2nd Canadian edition, or buy a new copy of the 4th Canadian edition. No bundle is required.

Supplemental Textbook and Materials

While computers are available for the lab practicals, we recommend that students install R on their own laptop or desktop as well, e.g., in case the Covid situation changes.

Notes on Assessment Items

   STA215 Review Quiz (2%) - Two online review quizzes (best 1 of 2) covering the following textbook chapters: Regular

quiz 1:1-9, 12- 16. Make-up quiz: 1 - 9, 11 - 22.

   Chapter Quizzes (4.5% total) - Nine chapter quizzes (best 9 of 10) covering individual book chapters, on Quercus, due

before corresponding lectures.

   Decision Tree Quiz (5%)

   Report (8% + 2%) - One report per student (8%) and a revision (2%) addressing the specific feedback comments.

    Skills assignment (8% total) - Students can choose one of two skills assignments. Expectations for assignments will be

discussed in class.

   Lab Quizzes (9% total) - (best 9 of 11) Submit your lab answer sheets via Quercus at the end of your practical session,

they will be graded for correctness.

   Term Tests (60% total) - Tests will be written Thursdays during class. Note on weighting: the two highest marks count

for 25% each, the lowest mark for 10%. If you miss a term test and have registered your absence on ACORN, the two other term tests will be counted for 30% each. If a student misses more than one term test and have registered their absence on     ACORN, an oral exam may be held covering the entire course.

   Term Test 1: covers weeks 1 - 4

   Term Test 2: covers weeks 5 - 7

   Term Test 3: covers weeks 9 - 11

   Class Survey Participation ( 1.5% total) - Completion of three anonymous class surveys on Quercus at the beginning, mid,

and end of the term.

Teaching Methods and Academic Supports

Teaching Methods

1 .  Readings: You are expected to review relevant topics from STA215 and read assigned new book chapters or other readings for each lecture BEFORE class. Links to chapter videos will be provided on Quercus.

2 .  STA215 Review Quiz: An online quiz tests your basic understanding of statistical concepts. Any student may opt to complete the make-up quiz to bring up their mark.

3 .  Chapter Quizzes: Chapter quizzes (on Quercus) test your understanding of assigned readings. To be completed before class.

4 .  Lectures: Lectures focus on making connections between concepts, developing statistical reasoning, and choosing appropriate statistical methods. In addition, we will solve practice problems and discuss upcoming assignments.

5 .  In-class participation: We will use online questions to actively engage students in class and help prepare for tests.

6 .  Skills assignment: Choose 1 of 2 assignments, which will ask you to put everything you have learned together (paper critique, research plan).

7 .  Computer Labs: In computer lab practicals, you will learn how to analyze biological data sets with R and R Commander   statistical software. Computer simulations help deepen your understanding of key concepts, and analyses of biological case studies help prepare you for report-based assignments.

8 .  Report: For the report assignment, you will be given a data set and research questions, which you will need to address with the methods learned in the course and write up in the format of a short scientific paper. After receiving specific feedback     comments on your report, you will be asked to submit a revised version. A make-up report assignment will be offered for the report only, not for the revision.

9 .  Class Surveys: Three surveys will collect class data and course feedback, and ask you to reflect on your learning in this

course.

10.  Decision Tree Quiz: This Quercus quiz will ask you to use the decision tree to select an appropriate test for different research questions.

11.  Term Tests: Three term tests (in-person, Scantron) will assess your ability to apply statistical concepts and statistical reasoning to biological research questions.

Academic Support

1 .  Textbook : The textbook provides many features that support studying and reviewing.

2 .  Problems: Lectures will discuss exam-style problems. Old exams will be made available on Quercus.

3 .  R statistical software: R is a powerful programming language for statistical analysis that is free and runs on all platforms. R Commander provides a graphical user interface that facilitates generating and modifying R code.

4 .  Flowcharts: Several flowcharts will be available on Quercus to help with choosing and applying statistical methods.

5 .  Discussion Board: the discussion board on Quercus will be used for inquiries about course logistics, incl. assignments and test. You are encouraged to post statistical questions to dedicated forums for each chapter and contribute answers to your   fellow student's questions.

6 .  Instructor Office Hours: Feel free to attend office hours (or request an individual meeting by email ifyou can't make it to regular office hours) to get help on course concepts, statistical problem solving, or how to study for this course. To provide flexibility, office hours will be held online Mondays after class, from 4 - 5 PM, and in-person Thursdays after class, 1 - 2   pm. Any changes will be posted on the course website.

Procedures and Rules

E-Mail Policy

The University's official method of correspondence with students is through their University of Toronto e-mail accounts. It is the student's responsibility to keep his/her @mail.utoronto.ca account active and check it on a regular basis.

All e-mails from students must include your full name and student number as well as have the course code in the subject line.

Re-Mark Policy

Requests for re-evaluation of course work must be made in writing to the instructor no later than one month following the return of the work. Re-evaluation may result in a grade increase, decrease, or no change.

If you request a remarking of an assignment or report, you must send a detailed request with specifics via email to the TA who marked your work, with a copy to the instructor. Emails to TAs that don't include the professor in the CC will not be replied.

Religious Observance

Information about the University's Policy on Scheduling of Classes and Examinations and Other Accommodations for Religious Observances is at http://www.viceprovoststudents.utoronto.ca/publicationsandpolicies/guidelines/religiousobservances.htm

Classroom Management

Students are expected to read the assigned reading before attending class online and to carefully read the computer lab outline       before lab sessions. Also, students are expected to be on time. Students should respect the learning environment and the geberal U of T guidlines for online classroom behaviour and code of conduct.

Late Assignments, Extensions and Missed Term Tests

You are expected to complete and submit all assignments on time.

Students who enroll in courses with conflicting lectures, tutorials or practicals will not receive accommodations for conflicting exams, assignments, lecture material, in-class participation, etc.

If you miss a term test: Contact the instructor by email immediately and follow procedures below.

If you miss the deadline for a report or assignment: A grace period of one week will be granted. Turning in a report or assignment after the grace period, or failing to turn in an assignment altogether, will result in a score of 0 points.

No extensions will be granted for online quizzes or the report revision.

Documentation and Procedures:

1 .  Contact your professor via email within 48 hours of the missed quiz/test/assignment to request the academic consideration you are seeking.

2 .  The University is temporarily suspending the need for a doctor's note or medical certificate for absences from academic   participation. Please use the o declare an absence ifyou require consideration for missed academic work. Record each day of your absence as soon as it begins, up until the day before you return to classes or other academic activities.

Note that holidays and pre-purchased plane tickets, family plans (unless critical, such as death of an immediate family member), and lack of preparation or too many other tests are not acceptable excuses.

If your appeal is accepted, it may be considered appropriate to do a weighted average of your other term marks to make up for the  missed item, rather than setting a makeup date. If a makeup is offered, the date will be determined by the Department, and you will be notified. The general format and content of the makeup will be similar to the original test, but the specific format and content     may not be the same.

Academic Integrity

The code of Behaviour on Academic Matters states that:

The University and its members have a responsibility to ensure that a climate that might encourage, or conditions that might enable, cheating, misrepresentation or unfairness not be tolerated. To this end all must acknowledge that seeking credit or other advantages by fraud or misrepresentation, or seeking to disadvantage others by disruptive behaviour is unacceptable, as is any dishonesty or unfairness in dealing with the work or record ofa student.

- University of Toronto Mississauga Academic Calendar

It is your responsibility as a student at the University of Toronto, to familiarize yourself with, and adhere to, both the Code of Student Conduct and the Code of Behaviour on Academic Matters.

This means, first and foremost, that you shouldread them carefully.

   The Code of Student Conduct is available from the U of T Mississauga website (Registrar > Academic Calendar > Codes

and Policies) or in your print version of the Academic Calendar.

   The Code of Behaviour on Academic Matters is available from the U of T Mississauga website (Registrar > Academic

Calendar > Codes and Policies) or in your print version of the Academic Calendar.

   Another helpful document that you should read is How Not To Plagiarize, by M. Proctor.

University's Plagiarism Detection Tool

Normally, students will be required to submit their course essays to the University's plagiarism detection tool for a review of textual similarity and detection of possible plagiarism. In doing so, students will allow their essays to be included as source documents in    the tool's reference database, where they will be used solely for the purpose of detecting plagiarism. The terms that apply to the        University's use of this tool are described on the Centre for Teaching Support & Innovation web site (https://uoft.me/pdt-faq).

Students who choose to opt out of using the University's plagiarism detection tool must do so in writing by email to the course instructor before Oct 7. We will discuss appropriate alternative measures at that point.

Additional Notes

1. Masks

Our teaching team would feel more comfortable ifyou wore a medical-grade mask during class meetings, labs and office hours, if you are able.

2. Video recordings of synchronous class activities

This course, including your participation, may be recorded on video and be made available to students in the course for viewing       remotely . Course videos and materials belong to your instructor, the University, and/or other source depending on the specific facts of each situation, and are protected by copyright. In this course, you may be permitted to download session videos and materials for your own academic use, but you should not copy, share, or use them for any other purpose without the explicit permission of the      instructor. For questions about recording and use of videos in which you appear please contact your instructor.

3. Discussion board and specific email policy for this course

Discussion board:

This course uses the Discussion Board in Quercus as an important communication platform. Separate forums will be set up for the  course in general and for course content as it relates to textbook chapters. Any questions regarding course organization, e.g.,            assignments, due dates etc. as well as questions regarding course content, e.g., statistical questions, should be posted to the               appropriate forum. Students are expected to help answer questions posted to the discussion board as far as possible. Entries will be monitored by the course staff and annotated as necessary within two days from posting, and major issues will be addressed in class.

Communication rules:

When composing your question or answer for the discussion board, please remember the following rules:

1 .  Posts are not anonymous.

2 .  Provide an informative header (so that other students can find relevant information)

3 .  Be short and precise.

4 .  Make sure you include all essential information.

5 .  If possible, provide a reference to the source of relevant information.

6 .  Be polite.

Email policy:

Using the discussion board gives all students access to the same information. Therefore, the instructor will not answer individual   emails about course organization or content, e.g., statistical questions. Students should only send emails to the instructor regarding personal issues that cannot be posted on the discussion board, such as if they will have to miss classes or the term test due to a       medical condition. Emails will be answered within a maximum of three days.

How to get help on statistics questions: If you need any help, please do the following:

1 .  First, refer to the course documents, textbook, and relevant discussion board forum on Quercus.

2 .  If you can't find an answer yourself, post your question on the corresponding discussion forum. Wait for a fellow student to post an answer, which may be annotated by the course staff within two days. Major issues raised in the discussion forum     may be addressed in class.

3 .  If the discussion did not answer your question, ask your TA in the practical session.

4 .  If still necessary, ask the instructor after class or during office hours.

Other Resources

AccessAbility

The University accommodates students with disabilities who have registered with the AccessAbility Resource Centre. Please let me know in advance, preferable in the first week of class, ifyou will require any accommodation on these grounds. To schedule a         registration appointment with a disability advisor, please call the centre at 905-569-4699 or e-mail at: access.utm@utoronto.ca.        http://www.utm.utoronto.ca/access/

Robert Gillespie Academic Skills Centre

Students can visit the Academic Skills Centre to consult with one of its strategists about understanding learning style, developing study plans for upcoming tests/exams, or discussing papers. Special Diagnostic Assessments are also offered and are designed to help you learn exactly where you stand with respect to critical academic skills.

http://www.utm.utoronto.ca/asc

UTM Library (Hazel McCallion Academic Learning Centre)

The University of Toronto boasts the biggest academic library in Canada and the second biggest in North America. Various services are available to students at the UTM Library and across the UofT library system. Services including borrowing, interlibrary loans,    online references, laptop loans and the RBC Learning Commons. For more information, visit http://library.utm.utoronto.ca  .