Hello, dear friend, you can consult us at any time if you have any questions, add WeChat: daixieit

CSE 190: Assignment 4

2022

Questions

Q1: Scoring a peptide match using just b-ions and including a modification mass. Using the following spectrum and amino acid masses (“Integer mass” column):

a.   (1 point) What is the score of matching TAVAPLER with a +16 on L? Consider score as the sum of the peak intensities for peaks matched to b-ions.

b.   (2 points) What is the percentage of total intensity explained by the peaks matched in part a?  How does this compare to the explained intensity of matching the same  spectrum to TAVAPLER with the +16 on V instead of on L?

Q2: Alignment between a spectrum and a sequence, allowing for a single modification.

Given a peptide P, a spectrum S, and the modification mass Delta, fill out the dynamic         programming matrix M[i][j][k] starting only at M[0][0][0] and up to k=1 applying the algorithm from class for the following example:

a.   (6 points) P = MMASFT, Delta = 14.

For the purposes of this question, it is not required to consider alignments starting at            positions greater than 1 on the protein sequence, which is shown on the google sheet by all other possible starting points having their scores set to “-inf” .

To submit the answer to question 2, print out the spreadsheet using (“File->Print”) with “Scale” set to “Fit to page” mode in Google sheets to create a PDF.